Битва при Молодях завершила самый трудный период в истории России, начатый с объявления опричных порядков в отдельных волостях и завершившийся их распространением на всю страну. После потрясающей воображение победы больше уже никто в русском государстве не возражал против царских преобразований. Русь вошла в эпоху реформ страной с родоплеменным строем, раздерганная на улусы и уделы, не имеющая общей армии и управления, а выходила единой монолитной державой с жесткой вертикальной системой управления, сохранившейся на многие века, вплоть до начала двадцатого века. Скрепленное опричным десятилетием единство оказалось столь качественным, что выстояло в нескольких смутах, и даже развал конца двадцатого века не смог разорвать проведенных Иваном Четвертым границ.