С августа 1942 года — заместитель начальника Четвертого Управления НКВД — НКГБ СССР. Наряду с Павлом Судоплатовым, Эйтингон являлся одним из организаторов партизанского движения и разведывательно-диверсионной работы на оккупированной территории СССР, а позже — в Польше, Чехословакии, Болгарии и Румынии, сыграл ведущую роль в проведении ставших легендарными оперативных радиоигр против немецкой разведки «Монастырь» и «Березина». За выполнение специальных заданий в годы Великой Отечественной войны был награжден полководческими орденами Суворова второй степени и Александра Невского, что вообще являлось исключительным случаем. Кроме него в разведке, орденом Суворова второй степени был награжден только Павел Анатольевич Судоплатов. В 1945 года назначен заместителем начальника отдела «С» НКВД СССР, которому было поручено добывание и обобщение разведданных по созданию ядерного оружия. В послевоенные годы возглавлял операции по подавлению националистического подполья в Литве и Западной Белоруссии.