Великую Отечественную войну Наум Эйтингон встретил на посту заместителя начальника разведки. За день до нападения нацистской Германии на Советский Союз он получил личное указание Берии о создании Особой группы для проведения диверсий в тылу вероятного противника. Эйтингон должен был установить связь с Генштабом и пограничными округами, чтобы договориться с ними о совместных действиях. Начавшаяся война помешала реализовать эти планы. Однако уже 5 июля 1941 года такая группа была образована при наркоме госбезопасности. Ее возглавил Павел Судоплатов. Наум Эйтингон был назначен его заместителем.