Но почти через месяц после начала Великой Отечественной войны, а именно – 20 июля 1941 года, НКГБ и НКВД были вновь объединены в единое ведомство – НКВД СССР. Структура НКГБ была реорганизована в Главное управление государственной безопасности – ГУГБ в составе НКВД СССР. Народным комиссаром государственной безопасности СССР в феврале – июле 1941 года был Всеволод Меркулов, до и после этого он являлся первым заместителем народного комиссара НКВД Лаврентия Берия.