Однако у изотопных реакторов имелись и серьезные недостатки. Изотопный реактор был одноразовым, как батарейка фонарика, и срок его службы не превышал двухсот лет. Трансурановые изотопы не встречаются в природе, поэтому их искусственно синтезируют а, следовательно, они довольно дороги. Если бы начинка рабочей зоны реактора фактически не состояла из отходов производства нейтридной брони (высокотехнологическая броня, состоящая практически из одних нейтронов) для станций планетарной обороны, то никто не стал бы заморачиваться производством изотопных реакторов. Это по меркам Земли двести лет эксплуатации запредельный срок, а Джоре жили в среднем около пятисот лет, и все производимое ими оборудование имело только гарантийный срок не меньше трехсот лет. По этой причине считалось, что изотопный реактор, слишком быстро выходит из строя и не соответствует стандартам надежности. Помимо этого 'недостатка' трансурановые изотопы сильно фонили радиацией а, следовательно, требовали тяжелой радиационной защиты. Утилизация реактора тоже была сложной и дорогостоящей, так как обычно отработанные реакторы сжигали в короне ближайшей звезды. По этим причинам реакторы данного типа использовались только на военных объектах в качестве аварийных источников энергии.