Странным образом, именно кризис заставил его оперативно сделать то, на что в других обстоятельствах, возможно, ушло бы куда больше времени. ЮКОС впервые в России (мировые компании сделали это давно) отделил добычу нефти от ее переработки и сбыта, что позволило улучшить финансовые показатели. В интервью деловому еженедельнику «Компания» Ходорковский позднее скажет: «Мне было проще: я не из „нефти“, и жесткие шаги в целом давались мне легче, чем моим более опытным в то время коллегам. Наиболее существенным для достижения результатов было даже не отделение сбыта и переработки от добычи, а выделение сервисных подразделений. Это был очень тяжелый момент, поскольку приходилось резать по живому. Ведь основная численность российских нефтяных компаний была сосредоточена в сервисах. Если бы не кризис 1998 года, то мне тогда вряд ли хватило бы смелости сделать такие резкие шаги».