Самойлович стал врачом при Симоновом, Даниловой и Девичьем монастырях, которые были превращены в госпитали. Во время чумного бунта бунтовщики избили Самойловича в Даниловом монастыре. Самойлович был не только врачом, но и ученым. Он понял, что чума распространяется не через воздух, не через миазмы, а крохотным „язвенным зверьком“. Он придумал дезинфекцию и не сжигал вещи бедняков, а просто обеззараживал их, за что московская голытьба была ему страшно благодарна. В доказательство своей правоты Самойлович снимал с чумных больных одежду, дезинфицировал ее и надевал на себя. До конца своих дней Самойлович страдал от ожогов, полученных от противочумного окуривания. Более всего Москву потряс чудовищный опыт Самойловича: „испитие чумного бубона“. Самойлович втер себе в губы гной из нарыва больного чумой — и не заболел. Вообще-то он должен был заболеть, но уцелел лишь благодаря феноменальной устойчивости своего организма к заразе. „Испитие бубона“ лишило чуму звания „царицы грозной“ и ореола ужаса перед неотвратимой гибелью, но для изучения болезни пользы не принесло.