Если фигуры Эркеля, Толкаченки, в значительной степени Петра Верховенского очевидно восходят к реальным прототипам — Николаеву, Прыжову, Нечаеву, то того же нельзя сказать о других персонажах романа: Липутине, Виргинском, Лямшине, Шигалеве, Шатове. У них нет определенного прототипа или их насчитывается несколько. Так, в Липутине ощутимы некоторые черты Успенского, но в основном он ориентирован на старого знакомца Достоевского, историка литературы и критика А. П. Милюкова; в Шигалеве отражены отдельные детали поведения Кузнецова на процессе и его отношение к убийству, но в записных тетрадях он везде автором называется Зайцевым по имени критика „Русского слова“; в Виргинском преломились одновременно черты Успенского и Кузнецова, в основном же он больше похож на петрашевца, чем на нечаевца. Шатов только трагической судьбой схож с Ивановым; во всем остальном он представляет тип разуверившегося нигилиста, перескочившего в другую крайность; в этом смысле его „прототипами“ могут быть названы В. И. Кельсиев, Н. Я. Данилевский и отчасти сам Достоевский.