Кроме того, в рамках «окончательного решения еврейского вопроса» на оккупированной советской территории айнзатцгруппами СД (службы безопасности) было уничтожено до 1,5 млн местных евреев и еще около 0,5 млн евреев, привезенных на оккупированную советскую территорию из Западной Европы. В операциях по депортации евреев в гетто и их уничтожению, что представляло собой преступления против человечества, айнзатцгруппам помогали вермахт и войска СС, а также местные полицейские формирования. Также истреблению подверглось несколько десятков тысяч кочевых цыган (оседлых цыган немцы не трогали). Еще 2 июля 1942 года начальник РСХА (Главного управления безопасности) группенфюрер СС Рейнард Гейдрих издал директиву, согласно которой на оккупированной советской территории подлежали уничтожению «евреи – члены партии и занятые на государственной службе, а также прочие радикальные элементы (диверсанты, саботажники, пропагандисты, снайперы, убийцы, поджигатели и т. п.)…» Командующие германскими войсками обосновывали репрессии против евреев тем, что они якобы занимаются подрывной деятельностью. Так, командующий 11-й немецкой армией генерал Эрих фон Манштейн 20 ноября 1941 года издал приказ, где утверждалось: «Солдат должен понимать необходимость жестокого наказания еврейства – носителя самого духа большевистского террора. Это также необходимо для того, чтобы пресечь в зародыше все попытки восстаний, которые в большинстве случаев организованы евреями».