Не успевших бежать немецких холуев вылавливали органы госбезопасности. Так, с 14 по 20 июля 1944 года НКВД и НКГБ Литовской ССР было арестовано 516 человек, в том числе 51 шпион, 302 активных пособника немецких оккупационных властей, 36 участников подпольных антисоветских националистических организаций и 35 уголовников. На освобожденной территории Латвии в мае-августе 1944 года были арестованы 190 немецких агентов, сотрудников полиции, предателей, изъято 1412 винтовок, 162 автомата, 66 пулеметов, 670 фанат, 43 револьвера. В октябре-декабре того же года отдел по борьбе с бандитизмом НКВД СССР провел несколько чекистско-войсковых операций на территории Эстонии, в результате которых были задержаны 356 повстанцев, 333 бандпособника, изъяты 712 винтовок, 28 автоматов, 45 пулеметов, 32 револьвера, 43 500 патронов.