Подобная деятельность не оставила безучастной органы государственной безопасности. Так, с июля 1940 по май 1941 года НКГБ Литовской ССР было вскрыто 75 нелегальных организаций и групп, при этом изъято большое количество винтовок, пистолетов, гранат, патронов, а также 15 множительных аппаратов. В Латвии удалось ликвидировать четыре резидентуры германской разведки, тесно связанные с местными антисоветскими организациями и группами, а также около 90 агентов-одиночек. В Эстонии незадолго до начала войны была пресечена деятельность «Комитета спасения», состоявшего из бывших членов «Вабса», «Изамаалийта». «Кайтселийта», «Объединения эстонских националистов». У арестованных участников «Комитета» было изъято множество оружия, а также радиоаппаратура, шифры, использовавшиеся для поддержания связи с немецкой и финской разведками.