По программе первым должен был очнуться Герберт — на случай, если понадобится врач. Однако очередность оказалась нарушенной. Несмотря на все ухищрения, биологический фактор оставался самым слабым звеном сложной операции. Эмбрионатор находился на средней палубе и в сравнении с кораблем был микроскопической скорлупкой, окруженной многослойной броней и антирадиационной оболочкой с двумя люками, ведущими в жилые помещения. Центр «Гермеса», называвшийся городком, был связан коммуникационным стволом с рубкой, разделенной на два яруса. Между носовыми переборками шли лабораторные палубы, где можно было работать и в невесомости, и при тяготении. Запасы энергии были сосредоточены на корме — в аннигиляционных контейнерах, в недоступном для людей сидеральном машинном отделении и в камерах особого назначения. Между внешней и внутренней кормовой броней были скрыты шасси — корабль мог садиться на планеты и тогда вставал на выдвигающиеся складные ноги. Посадку должна была предварять проба грунта на прочность, потому что на каждую из огромных лап ракеты приходилось 30.000 тонн массы. В центральной части корабля вдоль штирборта помещались разведывательные зонды и их вспомогательное оборудование, вдоль бакборта — автоматы внутреннего обслуживания и аппараты для дальних автономных разведывательных полетов или походов; среди них были и большеходы.