Рупрехт фон Берг же проявил себя не только в качестве любимого всеми сословиями духовного пастыря, но и как истинный имперский фюрст, повелев строить в городе дополнительные оборонительные стены, укрепленные заставы на переправах "угла трёх рек" и замок. В те годы, пока сын его покровителя, принц Фридрих Люксембург ещё только начинал свой путь к герцогскому престолу Баварии, фон Берг уже приобрёл серьезный опыт военачальника, отбивая не только вылазки австрийцев, но и разбойничьи притязания рыцарских союзов, связанных с Фемой. Когда же Фридрих железной рукой утверждал в Баварии своё господство и торжество будущего нового имперского порядка, именно епископ Рупрехт фон Берг первым открыто заявил о полной поддержке нового герцога Баварского и, не будучи формально его вассалом, оказал ему, не ожидая просьбы и не требуя за то никаких преференций, посильную помощь, помимо прочего — пленив тех, кто, не желая покориться Фридриху, пытался вымогать в Пассау убежище или же напрямую перебежать к Австрийцу.